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　　继多种生物基因组大规模测序完以后,蛋白质组又成为我们面临的另一个挑战,识别蛋白质相互作用既是蛋白质组的一个重要部分,也是现代生物学的一个重要目标,但识别的效率及准确性一直不理想该文主要基于相互作用的保守性,即相互作用直系同源INTEROLOGS的假设,以及蛋白质结构域的一些特点,发展了一套以已知的相互作用推出未知相互作用并整合网上资源的预测蛋白质相互作用方法该方法不仅以序列为基础而且更注重结构的相似性结果表明该方法是有效并具较高的准确率该文描述了一种在转录单位预测基础上原核生物启动子预测的新方法,首先进行的转录单位预测是根据基因间距离、功能关系及多基因比对结果来进行的,这不仅得到了比较理想的结果而且它对于研究得比较透和研究得较少的基因组都适用其后的启动子预测则利用了在MARKOV链中考虑状态驻留时间的隐马尔可夫链模型,结果显示,该方法能有效地预测出启动子序列及其位置